Le Microbiote
Depuis 2021, l’INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) a pris au sérieux l’importance du Microbiote dans l’origine de nombreuses maladies. Il a confirmé que rétablir l’équilibre de son Microbiote constitue une approche thérapeutique.
Aux détracteurs de cette vision, nous pouvons opposer une vue étroite de la médecine et de la science qui ne voudrait considérer que des thérapies éprouvées depuis des années comme efficaces. Quelle marge laisse-t-on à la nouveauté et au progrès ? Entre des découvertes médicales, la démonstration statistique de leur efficacité et la reconnaissance des instances réglementaires, il s’écoule parfois des décennies
et la perte de nombreux patients qui auraient pu en bénéficier.
Dans ce chapitre de notre site, en nous basant sur les dernières découvertes de la science dans ce domaine, nous vous expliquons
l’importance du Microbiote sur notre santé.
Définition et origines.
Le Microbiote est le nom savant de ce que l’on appelle aussi la Flore Intestinale. Ce nom vient du grec mikrós « petit » et biôtós “vivant”. Il rassemble donc tous les petits éléments vivants qu’abrite notre système digestif. Ces éléments peuvent être des bactéries, des champignons mais aussi des virus. On les trouve dans notre tractus bucco-gastro-intestinal mais aussi au niveau génital et sur notre épiderme, on parle alors de Microbiote
génital et de Microbiote épidermique. En quantité et proportion idéales, ces éléments sont indispensables à notre organisme. Lorsque cet équilibre
est rompu, ils peuvent devenir pathogènes. C’est un bel exemple de l’autre nom donné à l’état de santé qui est l’homéostasie (processus de régulation par lequel l’organisme maintient les différentes constantes du milieu
intérieur entre les limites des valeurs normales).
Nous expérimentons tous les jours dans notre quotidien à quel point
l’équilibre en toutes choses est source de bien-être et comment dès que nous faisons un écart cela nous porte préjudice.
En nombre, les bactéries du Microbiote sont 100 fois plus nombreuses que les cellules de notre corps (elles sont juste plus petites donc prennent
moins de place !). Leurs fonctions sont multiples et les découvertes actuelles ne cessent de leur donner toujours plus d’importance. On entend souvent définir le ventre de « deuxième
cerveau », et cette définition nous parle car nous avons tous en
nous cette perception, cette intuition que cet organe au centre de notre corps relève d’une importance majeure pour notre santé et notre équilibre.
"...il fut un temps dans notre histoire cellulaire où notre tissu intestinal était le premier"
L’embryologie, c’est-à-dire l’étude des différentes étapes du développement de l’embryon, nous le révèle encore mieux puisqu’il fut un temps dans notre histoire cellulaire où notre tissu intestinal était le premier : les premières cellules différenciées de l’organisme, le premier futur organe. En effet, lors de la fécondation, les 2 cellules gamètes qui se sont rencontrées, vont dans un premier temps fusionner et ainsi partager leur patrimoine génétique puis immédiatement, se multiplier en se divisant et en créant des clones parfaits d’elles même.
Lorsque l’on regarde au microscope ces cellules qui se divisent sans arrêt, elles sont toutes identiques, rien ne les distingue les unes des autres, on dit qu’elles sont au stade de cellules souches. Au bout de plusieurs heures, ces nombreuses cellules que l’on appelle déjà embryon mais qui ressemble seulement à un gros amas de cellules toutes semblables, vont connaître un passage important de leur développement, elles vont se différencier. Elles vont commencer à exprimer chacune une partie spécifique de leur ADN et ainsi devenir histologiquement spécifique à leur fonction future qui pourra être, une cellule nerveuse, une cellule musculaire, une cellule épithéliale, etc… En se différenciant, elles commencent à se regrouper physiquement en ébauche de futurs organes et ainsi le premier agrégat de cellules différenciées qui se forme chez l’embryon, est ce qui sera plus tard le tractus intestinal.
Lorsque l’on regarde au microscope ces cellules qui se divisent sans arrêt, elles sont toutes identiques, rien ne les distingue les unes des autres, on dit qu’elles sont au stade de cellules souches. Au bout de plusieurs heures, ces nombreuses cellules que l’on appelle déjà embryon mais qui ressemble seulement à un gros amas de cellules toutes semblables, vont connaître un passage important de leur développement, elles vont se différencier. Elles vont commencer à exprimer chacune une partie spécifique de leur ADN et ainsi devenir histologiquement spécifique à leur fonction future qui pourra être, une cellule nerveuse, une cellule musculaire, une cellule épithéliale, etc… En se différenciant, elles commencent à se regrouper physiquement en ébauche de futurs organes et ainsi le premier agrégat de cellules différenciées qui se forme chez l’embryon, est ce qui sera plus tard le tractus intestinal.
Ce tube intestinal primaire formera dans les jours qui suivent, par élongation longitudinale, le tube neural qui sera la future moelle épinière et ensuite par renflement en son extrémité, le cerveau. Ces premières cellules différenciées des futurs intestins sont essentiellement de futurs neurones au sens histologique du terme. Notre ventre a bel et
bien été au tout début de notre existence, notre premier cerveau !!! Cette vision des choses, nous donne une idée de l’importance naturelle, presque primaire, de cet organe longtemps mal connu qui recèle encore bien des secrets mais dont les découvertes ouvriront sans aucun doute un
pan immense de la médecine dans les décennies à venir.
Hippocrate disait déjà 400 ans avant JC que toutes les maladies naissaient des intestins. Cette notion que notre ventre est au cœur de notre santé et du coup des déséquilibres de notre homéostasie (état d’équilibre de notre corps, synonyme de l’état de bonne santé), est une notion perceptible par chacun. Nous n’avons pas besoin au quotidien, de connaître Hippocrate ou les récentes découvertes scientifiques et médicales sur le sujet pour être persuadés que cet organe influence directement notre humeur, notre bien-être et donc la survenue ou pas de maladies.
Notions d’équilibre et déséquilibre du Microbiote :
De cette importance, connue et reconnue, découle naturellement une autre notion celle de l’équilibre de ce Microbiote. Pour qu’il y ait équilibre
dans la nature, il faut qu’il existe une proportion respectée entre différents éléments constitutifs d’un ensemble. Dans le cas de notre Microbiote qui est l’ensemble, il doit être composé d’une certaine quantité de chaque famille de bactéries, champignons et virus. A partir du moment où un ou plusieurs groupes de ces éléments, se trouve en trop grande quantité ou en quantité insuffisante, cela entraîne un déséquilibre, un état de difficulté à notre condition de bonne santé. Ce constat, plutôt logique, engendre
des questions :
Peut-on vraiment attribuer la survenue de maladies à un simple déséquilibre du Microbiote ?
Notre Microbiote est-il plus déséquilibré à notre époque qu’avant ?
Et pourquoi ?
Notre Microbiote est-il plus déséquilibré à notre époque qu’avant ?
Et pourquoi ?
La première question trouve sa réponse dans la démonstration préliminaire que nous avons décrite, de l’importance de l’organe intestin. Car si la
nature a donné une place de choix dans la genèse de cet organe, elle ne peut pas avoir laissé au hasard et à l’approximation sa composition. Le corps humain est une machine qu’aucun ordinateur surpuissant ne pourra jamais
égaler, la conceptualisation même de tout ce qui s’y passe est impossible à l’esprit humain, aussi intelligent soit-il. Les seules choses dont nous pouvons
être certains quant à son fonctionnement, est qu’il répond aux grandes règles de la nature et de la vie sur terre.
L’évolution de la vie sur terre s’est appuyée sur 2 notions fondamentales :
« La nature a horreur du vide » et de l’inutilité des choses (Aristote l’avait compris), donc aucun organe, aucune fonction, aucun organisme n’existe s’il n’a pas un rôle essentiel à l’existence de l’ensemble qui le soutient. Et, la nature sélectionne la meilleure version de toutes choses et organismes (c’est la sélection naturelle de Darwin).
L’évolution de la vie sur terre s’est appuyée sur 2 notions fondamentales :
« La nature a horreur du vide » et de l’inutilité des choses (Aristote l’avait compris), donc aucun organe, aucune fonction, aucun organisme n’existe s’il n’a pas un rôle essentiel à l’existence de l’ensemble qui le soutient. Et, la nature sélectionne la meilleure version de toutes choses et organismes (c’est la sélection naturelle de Darwin).
Partant de ces principes et pour en revenir à notre Microbiote, s’il existe une cartographie qualitative et quantitative de la population idéale qui devrait constituer notre flore intestinale, elle ne doit pas en dévier aux risques de créer du désordre et donc des soucis de santé plus ou moins importants. A notre question sur l’intérêt d’un équilibre du Microbiote, nous pouvons répondre : OUI, un Microbiote déséquilibré doit forcément entraîner un trouble de la santé. La rupture d’un équilibre est bien synonyme de déséquilibre et tout déséquilibre entraîne à court ou moyen terme une pathologie. Une grande chance que nous ayons et qui explique pourquoi nous entendons de plus en plus parler de ce fameux Microbiote, est que cette cartographie idéale a pu être mis en évidence en 2003 grâce aux progrès du séquençage génétique (technique de biologie pour analyser le génome d’un très grand nombre de cellules ou ici de bactéries).
Sans cette analyse, nous ne pouvions qu’être convaincus de l’importance de la flore intestinale sans en connaître sa composition et donc sans pouvoir éventuellement la corriger en cas de déséquilibre. Nous savons aussi qu’il existe sans nul doute plusieurs composition «correcte » d’un Microbiote, nous avons pu identifier qu’il variait entre autres selon les saisons, l’alimentation et les populations géographiques. A ce jour, il a été mis en évidence plusieurs grandes classes de bactéries reliées à certaines pathologies ou désordres, lorsqu’elles se comptent en trop grande ou trop faible quantité.
Relation entre déséquilibre du Microbioteet survenue de maladies :
Le bras armé de ce déséquilibre du Microbiote pour engendrer ensuite une pathologie est sans aucun doute, le système immunitaire. Le système immunitaire est en contact et en lien direct avec le Microbiote, il est le garant de l’intégrité du corps. Dans ce contexte, le système immunitaire est très attentif à ce qu’il se passe dans le tube digestif, à ce que l’individu ingère comme aliments et également aux éléments étrangers que sont les bactéries de notre Microbiote qui aident à les digérer. Cette population bactérienne dont nous avons besoin pour notre santé, ne doit pas être altérée en quantité et en qualité, au risque d’alerter immédiatement le système immunitaire. Au même titre qu’un aliment nocif provoque un trouble de notre santé via le système immunitaire, une modification de la population de notre Flore Intestinale est perçue par notre immunité comme un déséquilibre anormal et donc néfaste.
Ce déséquilibre est sournois car il n’est pas identifié par le système immunitaire comme étant d’emblée une maladie en soit. En effet, un Microbiote déséquilibré ne va pas engendrer de la fièvre, l’augmentation des globules blancs ou des facteurs d’inflammation, qui sont autant de signes marqueurs d’une agression, d’un trouble. Ce déséquilibre est cependant bel et bien perçu par notre immunité
et agit sur elle comme un brasier latent qui surexcite en permanence nos cellules immunitaires sans déclencher pour autant de réaction massive.
Cet état est le terrain fertile de toutes les maladies auto immunes et des pathologies chroniques comme l’hypertension, le diabète, le surpoids dont notre époque connaît une incidence fulgurante, ainsi que le cancer.
Les causes du déséquilibre.
De ce désordre du Microbiote dérive la seconde question qui nous vient
en tête :
Pourquoi et comment ce déséquilibre pourrait-il se produire ? Serions-nous plus touchés par un Microbiote déséquilibré de nos jours qu’avant ?
Nous pouvons remonter le temps et comparer notre microbiote actuel avec celui de nos ancêtres, analysé à partir de résidus fécaux trouvés sur des hommes
préhistoriques congelés dans les glaciers. Les différences sont très importantes et sont probablement le reflet de deux changements fondamentaux dans nos vies au quotidien qui ont pu influencer fortement l’équilibre de notre Microbiote : notre changement d’alimentation et la découverte des antibiotiques.
La mécanisation de l’agriculture et l’usage massif d’engrais et de
pesticides ont permis d’augmenter considérablement le rendement des
surfaces cultivées et ainsi de mieux nourrir quantitativement les populations des pays industrialisés.
Il ne faut pas oublier que la modification de notre alimentation en quelque chose de plus équilibré, de plus régulier a permis d’augmenter l’espérance de vie d’une bonne partie des populations qui n’y avaient pas jusqu’alors accès. Concernant l’avènement des antibiotiques et des vaccins, ils ont sauvé une bonne partie de l’humanité des grandes épidémies et ont permis d’allonger une espérance de vie réduite.
Il ne faut pas oublier que la modification de notre alimentation en quelque chose de plus équilibré, de plus régulier a permis d’augmenter l’espérance de vie d’une bonne partie des populations qui n’y avaient pas jusqu’alors accès. Concernant l’avènement des antibiotiques et des vaccins, ils ont sauvé une bonne partie de l’humanité des grandes épidémies et ont permis d’allonger une espérance de vie réduite.
Au-delà du bien-fondé de notre changement d’alimentation et de notre consommation toujours plus importante de médicaments, il est assez évident que ces 2 habitudes quotidiennes ont bouleversé nos organismes. Le changement d’alimentation a une action directe sur notre santé.
Il modifie la composition de notre Microbiote. Il a été vérifié que certains
aliments favorisent certaines bactéries plutôt que d’autres et cette modification perturbe à son tour l’équilibre de notre système
immunitaire.
Malheureusement pour nous, ces aliments qui nous constituent et nous nourrissent ne ressemblent plus en rien à ceux que nos ancêtres utilisaient. Sans dire qu’ils sont pires ou meilleurs, ils sont différents. Cette grande différence ne permet pas à notre organisme de les reconnaître comme « déjà vu » et d’y être habitué. Ils sont surtout arrivés dans nos assiettes beaucoup trop rapidement pour que notre génétique ait eu le temps de s’y adapter, de se modifier pour s’en faire des « amis ».
Cette notion du changement à vitesse grand V de nos habitudes alimentaires est fondamentale dans la compréhension de ce qui crée nos déséquilibres actuels.
Malheureusement pour nous, ces aliments qui nous constituent et nous nourrissent ne ressemblent plus en rien à ceux que nos ancêtres utilisaient. Sans dire qu’ils sont pires ou meilleurs, ils sont différents. Cette grande différence ne permet pas à notre organisme de les reconnaître comme « déjà vu » et d’y être habitué. Ils sont surtout arrivés dans nos assiettes beaucoup trop rapidement pour que notre génétique ait eu le temps de s’y adapter, de se modifier pour s’en faire des « amis ».
Cette notion du changement à vitesse grand V de nos habitudes alimentaires est fondamentale dans la compréhension de ce qui crée nos déséquilibres actuels.
Notre alimentation devient ainsi un facteur de sollicitation de notre système immunitaire tout comme un facteur de déséquilibre de notre Microbiote. Tout est imbriqué. Cela nous renvoie à la notion développée dans le chapitre de la relation entre déséquilibre et survenue des maladies. Notre alimentation moderne tout comme notre Microbiote altéré sont des
sources de stimulation latente et constante de notre système immunitaire. Il n’est pas étonnant que ce dernier soit déboussolé et surréagisse à la
moindre occasion, en provoquant une ou plusieurs maladies.
L’autre facteur qui au cours de ce dernier siècle a perturbé grandement notre Flore Intestinale au même titre que le changement d’alimentation, c’est l’invention et aujourd’hui la surconsommation des antibiotiques.
L’antibiothérapie a sauvé et sauve encore des millions de gens chaque année, il est hors de question d’imaginer s’en passer mais si nous tentons d’établir là aussi une notion d’équilibre et de gestion globale de la santé on ne peut minimiser les effets délétères de nos pratiques.
L’antibiothérapie a sauvé et sauve encore des millions de gens chaque année, il est hors de question d’imaginer s’en passer mais si nous tentons d’établir là aussi une notion d’équilibre et de gestion globale de la santé on ne peut minimiser les effets délétères de nos pratiques.
Ainsi la récupération de certaines populations microbiennes très importantes pour l’équilibre de notre microbiote, après un traitement antibiotique pour une angine par exemple, prendra au minimum 9 mois et ne sera que partielle. Plusieurs traitements antibiotiques successifs auront un effet cumulatif et peuvent ainsi anéantir quasi complètement une population bactérienne bénéfique pour notre équilibre.
Après une antibiothérapie il faut imaginer nos intestins semblables à un champs de bataille sur lequel repousserait de manière anarchique telle ou telle population de bactéries, sans réel contrôle. Dans ce contexte, il y a peu de chance de s’en sortir avec la bonne combinaison de bactéries en qualité et quantité !
L’analyse du microbiote permettra de détecter ces éventuelles dégradations qui seront corrigés, en fonction de chaque individu, grâce aux traitements étudiés par notre comité médical. On peut également observer des différences entre des Microbiotes a priori équilibrés car ne provoquant pas de troubles, et ceci selon les saisons et selon les populations. Cela s’explique à nouveau par le facteur nourriture, nous ne mangeons pas les mêmes choses en été et en hiver et nous avons des habitudes alimentaires qui reflètent aussi nos différentes cultures, zones géographiques, etc… On notera aussi que les différences qui étaient marquées entre les différents types de microbiotes équilibrés provenant de diverses zones géographiques, ont tendance à se lisser en raison de la mondialisation et des mouvements de population au niveau planétaire.
L’analyse du microbiote permettra de détecter ces éventuelles dégradations qui seront corrigés, en fonction de chaque individu, grâce aux traitements étudiés par notre comité médical. On peut également observer des différences entre des Microbiotes a priori équilibrés car ne provoquant pas de troubles, et ceci selon les saisons et selon les populations. Cela s’explique à nouveau par le facteur nourriture, nous ne mangeons pas les mêmes choses en été et en hiver et nous avons des habitudes alimentaires qui reflètent aussi nos différentes cultures, zones géographiques, etc… On notera aussi que les différences qui étaient marquées entre les différents types de microbiotes équilibrés provenant de diverses zones géographiques, ont tendance à se lisser en raison de la mondialisation et des mouvements de population au niveau planétaire.
Nous ne mangeons plus beaucoup selon les saisons ou selon notre pays d’origine. Donc nous pouvons dire que le Microbiote change de composition de manière physiologique au cours de l’histoire de l’évolution du genre humain mais aussi à l’échelle individuelle, durant les différentes phases de vie d’un individu.
Tant que ces modifications maintiennent un état d’équilibre, elles sont favorables car elles permettent une adaptabilité au monde extérieur. Lorsque ces changements du microbiote sont brutaux, chroniques ou subis (antibiotiques, régime alimentaire anarchique,…) un état de déséquilibre s’installe et mène à des répercussions néfastes pour l’organisme.